脉冲袋式除尘器采用的是离线清灰还有在线清灰。在线清灰是指在滤袋进行含烟尘气体的过滤时，进行脉冲喷吹，在线清灰对系统的影响很小，但是有一个缺点就是清灰不是很彻底，也不能在线检修。
离线清灰就是指把袋式除尘器分成几个过滤室，给每一个过滤室的净气室上都安装离线阀等控制系统，不管对哪个过滤室进行清灰前，首先都要把离线阀关闭，在过滤室没有烟尘气体进行过滤的情况下清灰，所以离线清灰的效果要比在线清灰好得多，除了清灰更彻底外，还可以在线检修。它也是有缺点的，要进行离线清灰，就要增加离线的机构，所以造价要高，而且清灰时对烟尘气体波动有一定的影响。
在清灰时选择在线清灰还是离线清灰，要根据除尘的具体情况和用户的条件综合考虑，如果小型的除尘器，入口的粉尘浓度也不高，就可以采用在线清灰，否则需要采用离线清灰。除了在线和离线清灰，还有管式喷吹和箱式喷吹。一般情况下大型的脉冲除尘器采用管式喷吹结构，而中小型脉冲除尘器多采用箱式喷吹。
